Ліцей був утворений Рішенням №388 Черкаської обласної Ради трудящих "Про розширення в області сітки училищ механізації сільського господарства» від 29 липня 1963 року. Отримав назву Лисянське сільське професійно-технічне училище №16.

Училище відкрили у звільнених приміщеннях райвиконкому, закритої Свято-Михайлівської церкви, райвійськкомату. Першим директором було призначено Майданюка Петра Миколайовича (період роботи 1963-1982), заступником з навчально-виробничої роботи – Василя Терентійовича Гриценка, заступником з навчально-виховної роботи – В.Ф. Путія, старшим майстром – Петра Семеновича Бугу. Навчання розпочалося 15 жовтня 1963 року. 1966 року отримали в користування попівську хату, на місці якої виріс сучасний навчальний корпус і гуртожиток. 20 грудня 1968 року здали в експлуатацію навчальний корпус, а 29 березня 1972 року – гуртожиток.

У 70-х роках йшло активне оснащення навчальних кабінетів технічним приладдям, моделями агрегатів та вузлів техніки.

Не менш активно наповнювався «життям» і навчальний полігон. Будувалися ангари для техніки, навчальні майстерні та лабораторії. З’являлася і нова техніка: комбайни СК-5 «Нива», гусеничні трактори Т-74 (один із них гордо стоїть на постаменті біля навчального корпусу), колісні Т‑40 та навісне обладнання до них.

З 1982 року по 1986 рік на посаді директора училища – Василь Терентійович Гриценко. За нього в 1984 році навчальний заклад було реорганізовано у Лисянське професійно-технічне училище № 32.

З 1986 до 2002 року навчальним закладом керував Василь Іванович Горбенко. За період його роботи приміщення навчального корпусу та гуртожитку облицьовано плиткою, проведено реконструкцію їдальні, створено пасіку на 50 бджолосімей, побудовано лабораторію з тваринництва на 200 голів свиней, гараж для автомобілів та інше, придбано комбайн "Дон", потужні трактори ХТЗ Т-150 та автомобілі для навчання учнів. За цей час набуває розвитку художня самодіяльність: чоловічий та жіночий ансамблі, фольклорний колектив, духовий оркестр, танцювальний ансамбль, агітаційно-художня бригада. Хоровий колектив ліцею під керівництвом Олексія Миколайовича Бабіна 1991 року отримав звання Народного.

За період з 2002 по 2007, коли директором був Січкар Микола Іванович, у ліцеї було побудовано газову котельню та облаштовано сучасною сантехнікою кімнати гігієни у гуртожитку. 12.06.2003 року, згідно наказу Міністерства освіти і науки України № 374 "Про вдосконалення мережі закладів профтехосвіти Черкаської області» професійно-технічне училище №32 було реорганізоване в Лисянський професійний аграрний ліцей.

У складний період 2007-2008 рр. заклад очолювали В.І.Горбенко (вдруге) та Бузовський Анатолій Валентинович. Було започатковано створення навчально-виробничого комплексу «Сучасний фермер» та виграно грант на поставку нової техніки.

В 2008-2013 рр. ліцей очолював Попадюк Володимир Володимирович. У цей час було завершено поставку сучасної техніки (комбайн та трактор фірми New Holland, трактори МТЗ), проведено її реєстрацію, організовано роботу навчально-виробничого комплексу «Сучасний фермер». У квітні 2009 року на базі ліцею проведено Всеукраїнський конкурс фахової майстерності з професії «Тракторист-машиніст сільськогосподарського виробництва».

Відповідно до наказу Міністерства освіти і науки України від 21.06.2010 року №610 «Про вдосконалення мережі професійно-технічних навчальних закладів Черкаської області» назву змінено на Державний навчальний заклад «Лисянський професійний аграрний ліцей».

З 2013 року і до сьогодні ліцей очолює Яцюк Олександр Іванович. За цей час проведено капітальний ремонт навчального корпусу, навчальні кабінети обладнано сучасною комп’ютерною технікою, збудовано футбольне поле із штучним покриттям, багатофункціональний спортивний майданчик, придбано нову с/г техніку та навісне обладнання до неї.

ДНЗ «Лисянський професійний аграрний ліцей» тісно співпрацює з Німецьким Аграрним Центром в Україні (с. Поташ Маньківського району), де слухачі курсів мають можливість ознайомитися з агротехнологіями по вирощуванню сількогосподарських культур технікою німецького виробника. Також навчальний заклад тісно співпрацює з науково-виробничою фірмою «Урожай»: укладено договір про співробітництво. Учні ліцею проходять  оплачувану переддипломну виробничу практику з подальшим працевлаштуванням. Ще одним надійним партнером закладу став Уманський тепличний комбінат, у співробітництві з яким в закладі у 2020 році побудовано теплицю і розпочато підготовку фахівців за спеціальністю «Плодоовочівник. Садовод».

В різні часи в стінах ліцею готували наступних спеціалістів:

• Шофер;
• Тракторист широкого профілю;
• Слюсар з ремонту автомобілів, сільськогосподарських машин та устаткування;
• Плодоовочівник;
• Будівельник, монтажник гіпсокартонних конструкцій;
• Муляр-штукатур, лицювальник-плиточник;
• Кухар;
• Майстер холодильних установок;
• Офіціант-бармен;
• Адміністратор;
• Обліковець з реєстрації бухгалтерських даних;
• Секретар керівника (підприємства, організації, установи);
• Оператор комп’ютерного набору.